태풍은 거센 바람, 높은 파도와 집중호우를 동반하므로 태풍 영향권에 있는 육상수조양식장과 가두리 양식장은 피해가 우려된다. 이 때문에 적극적인 예방조치와 함께 태풍이후 상황별 대책수립도 중요한 만큼 태풍 이후 피해가 최소화될 수 있도록 양식생물 관리에 만전을 기해야한다.

우선 육상수조식양식장은 피해여부 확인 후 시·군 재해대책본부 등 관계기관에 신속보고 하고 전기시설이나 발전기, 취수시설, 양식장 건물 등 피해시설물을 응급복구 해야 한다. 또 신선한 용수를 공급하고 태풍으로 유입된 오물이나 흙탕물을 즉시 배수해 어류질병을 예방할 수 있도록 해야 하며 어체의 건강상태나 질병감염여부 등을 진단해 조속히 처리해야한다. 더불어 외부상처나 스트레스로 인해 2차 피해가 발생하지 않도록 주의를 기울이는 동시에 먹이공급량은 점진적으로 늘려 정상적인 사육관리가 이뤄질 수 있도록 해야 한다.

가두리 양식장 역시 태풍이후 피해여부를 확인해 관계기관으로 신속히 보고하고 태풍 내습에 따라 침하된 시설은 정상위치로 환원조치 해야 한다. 가두리용 그물 손상이나 닻, 부자, 양식장 관리선 등이 태풍으로 피해를 입은 시설물은 신속히 복구하고 폐사체나 유입호물 등을 신속히 제거해 2차 오염을 예방해야한다. 더불어 양식어류 어체의 건강상태나 질병 감염여부 등을 진단, 조속히 처리함과 동시에 육상수조식과 마찬가지로 점진적으로 먹이공급량을 늘려가며 정상적인 사육관리가 이뤄지도록 해야 한다.

이와 함께 태풍이 오게 되면 강풍과 집중호우 등의 영향으로 어류가 스트레스를 받아 생리기능이 저하되는 경우가 생기는 만큼 태풍 이후 어류의 활력증가를 위해 영양제를 사료와 함께 급이해주는 것도 좋다.