장기적으로 신·경분리가 필요하다는 것은 모두가 인정하지만 당장 신·경분리를 추진할 것인가에 대해서는 찬성론과 시기상조론이 대립되고 있다.
장기적으로는 단위조합의 역할이 강화돼 사업은 단위조합 위주로 이뤄져야 하고 중앙회는 농정, 지도, 홍보, 조사 등의 업무를 전담하는 역할 분담체제가 바람직하다.

단위조합의 광역합병 추진으로 조합의 경쟁력 제고와 숫자를 줄이면서 전체 체제유지비용 절감을 도모하고 중앙회부터 신·경분리를 추진, 전문농협 중심체제로의 전환을 준비해야 한다.
신용사업은 중앙회의 신용사업과 단위조합의 상호금융을 통합한 하나의 은행과 같은 형태의 조합금융 시스템 구축으로 경쟁력을 강화할 필요가 있다.

이와 함께 경제사업은 품목, 업종별로 규모화된 전문농협중심으로 발전해야 한다.
장기적인 신·경분리의 추진은 구체적인 시간일정을 정해 체계적이고 지속적인 단계별로 추진돼야 한다.