적조방제를 위해 실시하고 있는 황토살포효과에 대한 논란이 제기됐다.
이는 적조피해를 입고 있는 어업인들 가운데 일부가 적조생물인 코클로디니움의 개체가 ml당 1만개체가 넘으면 황토살포가 효과가 없다는 주장을 펴고 있는데 따른 것이다.
이들 어업인들은 적조생물이 심하면 황토살포 효과는 없고 오히려 어장을 황폐화시킬 우려가 있다는 입장이다.

이에대해 국립수산과학원은 최근 3년간 황토살포 효과에 대한 영향평가 결과 저서생물의 피해는 없을 뿐만아니라 황토를 살포하면 점액질이 많은 적조생물과 흡착함으로써 90%에 가까운 방제효과가 있었다고 밝혔다.
따라서 수산생물의 대량 폐사를 억제하기 위해서는 황토살포를 해도 무난하다고 덧붙였다.
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