농업분야 연구기능의 대폭적인 축소가 불가피해 농업이 위축될 수밖에 없다는 농업계와 보다 효율적인 조직체계를 통해 농업발전에 일조할 것이라는 대통령직 인수위 측의 입장이 대립각을 세우고 있다.
여기에서 하나 짚고 넘어가야 할 부문은 과연 농촌진흥청을 정부출연 연구기관으로 만들어 민간화하는 것이 농업발전에 기여할 수 있을 것이라는 것에 대한 목적성에 부합하는지, 그리고 효과적인 개편이 가능한지에 대한 사전 점검일 것이다.
항상 우리나라 행정의 벤치마킹 대상이 되고 있는 일본의 경우 2001년 농업관련연구기관을 농림수산성 소속 농림수산기술회의 사무국내 6개 독립행정법인으로, 2006년에는 이를 비 국가기관화 하는 조직개편을 했다.
그 결과 각 연구조직들은 단기간에 돈이 되는 산업연구 중심으로 전환하고 사실상 농업·농촌발전을 위한 연구는 기피하는 엄청난 폐단을 낳고 말았다. 또한 연구결과나 성과를 현장에 도입하고 이전하는 시스템이나 체계가 이뤄지지 않아 정부와 농민간 교류가 줄어드는 문제점 등을 노출시키고 말았다. 따라서 최근에는 다시 정부조직화하는 안건이 국회에 건의돼 있는 상태에 이르렀다고 한다.
또한 과학기술부가 정부출연기관 연구원을 대상으로 실시한 설문조사에 따르면, 국가연구 개발사업이 출연연구기관의 역할과 부합된 시스템인가에 대해 부정적인 의견이 긍정적인 의견보다 5배나 높게 나타난 것을 볼 수 있다. 또한 출연연구기관이 충실히 제 역할을 수행하고 있는지에 대한 물음에 미흡하다는 의견이 만족스럽다는 의견보다 2.5배 높은 것으로 나타나 그 문제의 심각성을 그대로 노출시키고 있다.
이러한 선례적인 경험치를 놓고 볼 때, 농진청 폐지안은 정부 구조조정을 위한 ‘희생양’이라는 의미 이외에는 납득이 되지 않는다. 신정부가 농업을 비교우위의 대상으로 보거나, 경시하는 태도를 엿볼 수 있는 대목이다.