농업관련 기금제도 혁신방안은 작지만 봉사하는 효율적인 정부를 만들기 위한 국가경영혁신전략의 일환으로 추진하고 있다. 현재 농어촌 구조개선과 농산물 유통 및 가격안정 등을 위하여 운용되고 있는 농업관련 기금은 농수산물가격안정기금, 종자기금, 농지관리기금, 축산발전기금, 인삼산업진흥기금, 임업진흥기금, 양곡증권정리기금 등 7개가 있다. 그 운용규모는 "99년기준 총 7조 2천5백69억원으로서 농업부문 전체 재정운용규모의 49%를 차지하고 있다. 정부는 이러한 7개 기금을 4개로 통폐합, 보다 효율적이고 투명하게 운영할 계획이다.
7개 기금중 농지관리기금은 영농규모화와 농지조성 등을 목적으로 설치된 기금으로서 "98년말까지 6조 2천75억원이 조성되었다. 이 중 1조 9천3백10억원은 영농규모화사업과 간척 등 대체농지조성사업에 사용되었으며, 현재 순조성액은 4조 2천7백65억원이다. "99년 운용규모는 6천8백3억원으로서 대단위 농업종합개발, 서남해안 간척 등에 1천7백57억원, 쌀전업농 농지규모확대에 2천4백80억원을 지원할 계획이다. 농수산물가격안정기금은 농수산물의 수급안정과 유통개선을 목적으로 설치된 기금으로서 "98년말까지 2조 6천9백23억원이 조성되어 농수산물 비축사업을 통한 가격지지 등을 위해 5천2백75억원을 사용하였으며, 순조성 규모는 2조 1천6백48억원이다. "99년 운용규모는 1조 8천7백20억원으로서 채소가격안정 및 출하조정 등 가격안정에 1조 1백17억원, 도매시장.물류센타 등 소비지 유통개선에 8천85억원을 지원할 계획이다.
종자기금은 우량종자의 수급.관리 등을 목적으로 "98년말까지 2백69억원이 순조성 되었으며, "99년도 운용규모는 3백34억원이다. 축산발전기금은 축산업 발전과 축산물 수급안정을 위하여 설치된 기금으로서 "98년말 까지 4조 9백34억원이 조성되어 축산구조개선 및 가격안정사업 등에 1조 1천3백87억원을 사용하였으며, 현재 2조 9천5백47억원이 순조성액으로 남아 있다. "99년도 운용규모는 8천5백85억원이다. 인삼산업진흥기금은 인삼류의 가격안정과 수급관리를 위하여 설치된 기금으로서 "98년말 현재 1백65억원이 조성됐다. "99년 운용계획은 1백65억원으로 인삼 생산 및 수매.비축사업 등을 추진하고 있다. 임업진흥기금은 임업의 발전과 임산물 이용.개발을 위하여 설치된 기금으로서 "98년말까지 1천9백80억원이 순조성됐다. "99년 운용규모는 4백54억원으로서 임산물 가공.유통사업 등에 지원되고 있다. 양곡증권정리기금은 양곡증권과 차관양곡의 원리금 상환을 위해 설치된 기금으로 "98년말까지 25조 9백48억원이 조성돼 정부양곡수매 비축에 19조 3천8백16억원을 사용했으며, 현재 5조 7천1백32억원이 순조성액으로 남아 있다.
농업관련 기금이 개별법에 의해 각각의 사업목적에 따라 설치되어 품목중심으로 운용됨에 따라 자금사용이 경직화되고 여건변화에 따라 재원을 탄력적으로 운용하기 어려우며, 유사 사업이 여러 기금에서 중복 지원되어 재원이 비효율적으로 운용되고 있다는 지적이 있었다. 때로는 운용 규모와 사업 수요와의 불균형이 나타나 유사 성격의 사업을 타기금 재원으로 지원하는 경우도 있었다. 또한 예산과는 달리 기금편성 및 운용에 대한 국회의 직접 통제를 받지 않고 행정부내에서 결정됨에 따라 재정운용의 투명성과 책임성이 저하되고, 특히 기타 기금은 기금운용의 투명성이 상대적으로 낮고 방만하게 집행되고 있다는 비판이 있어 왔다. 이러한 비판을 토대로 기획예산처에서는 다른 정부부처와 협의하여 기금운용의 효율성과 투명성을 높이는 동시에 유사기금 등의 통폐합을 주 내용으로 하는 정부기금제도 개선 방안을 마련했으며, 농업관련기금 정비는 이러한 작업의 일환이다.
농업관련 기금정비 방안은 농수산물가격안정기금, 인삼산업진흥기금, 종자기금을 단일기금으로 통합하며, 민??운영주체인 축산발전기금은 공공기금화하여 기금운용의 투명성을 높이고, 임업진흥기금을 농어촌구조개선특별회계에 흡수 통합하는 등 현행 7개 기금을 4개로 축소 통폐합하고 2개의 기타 기금을 공공기금화하는 방향으로 정리됐다. 농림부는 앞으로 기금통폐합으로 기존 기금 사업이 지장을 받지 않고 안정적으로 추진될 수 있도록 조치해 나갈 계획이다. 농업관련기금이 이렇게 정비될 경우 기금의 보다 효율적인 운용과 투명한 관리가 가능해질 것으로 예상되며, 국가경영 혁신에도 이바지할 것으로 기대된다.
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