감사원측은 이번 감사는 1단계 69조원이 투융자된 농업구조개선사업을 평가하고 사업시행의 오류를 분석해 2단계 농업구조개선사업 119조원 지원계획을 바람직한 방향으로 유도하는 데 있다고 밝혔다.
감사원은 1단계 사업은 중복 및 과잉투자 여부와 사업의 효과나 타당성 분석의 적정성 여부를, 2단계 사업은 재원배분 계획 수립, 안정적 농가소득 보장장치 마련 여부, 친환경시책 부합 여부 등을 집중 점검할 방침이다.
이외에도 산하 농업지원조직에 대해서도 그 기능을 분석해 효율적인 농업구조개선사업 지원체계 구축방안을 강구토록 하고 축산의 기업화를 통한 경쟁력 확보방안에 대해서도 검토할 계획이다.