농림부에 따르면 쇠고기 이력추적시스템은 전국단위 실시시기를 당초 계획보다 1년 앞당겨 2008년부터 실시하고 젖소를 포함한 모든 소에 대한 개체식별 이력관리 의무화는 2009년부터 실시된다.
이에 따라 내년에는 우수브랜드 및 일부지역 등 17개소에 한정해 실시하며 조직 및 추진체계 정립을 위한 연구용역도 함께 실시한다.
시범사업도 2007년에는 도별 3~4개소씩 지역단위 사업을 확대하고 육우 브랜드 2개소에 대해서도 시범사업에 들어간다.
소 이력추적시스템의 전면실시를 위한 조직정비 및 장비확충과 (가칭)가축의 개체식별을 위한 이력관리에 관한 법 제정 등도 2007년까지 완비할 계획이다.
2008년부터는 이를 토대로 전국적으로 송아지생산안정사업에 등록된 모든 소의 개체관리를 의무화한다.
농림부는 또 돼지고기 이력추적시스템도 쇠고기 주관기관 및 전산시스템을 활용해 2007년부터 10개 브랜드, 116만여마리에 대해 시범사업을 추진한다. 다만 돼지고기는 돈군(herd) 식별번호를 부여하는 방식으로 실시할 계획이다.