2005년도 정부산하기관 경영실적 평가에서 가축위생방역지원본부는 53.889점, KRA(한국마사회) 70.076점, 축산물등급판정소 66.763점을 받은 것으로 나타났다.

농림부가 공개한 2005년도 정부산하기관 경영실적 평가보고서에 따르면 가축위생방역지원본부는 총 100점만점에 53.889점을 받았다.
종합경영부문(34%), 주요사업부문(40%), 경영관리부문(26%) 등 3개 부문으로 세분화돼 이뤄진 이번 평가에서 가축위생방역지원본부는 의사결정기구인 이사회가 대리 참석으로 이뤄지는 경우가 많아 그 효용성이 별로 없는 것으로 평가됐다. 또한 기관의 책임자인 본부장은 비상임 이사인 반면 그의 지시를 받는 전문이사는 상임이사로서 구조상의 모순을 가지고 있다는 지적이다.

가축위생방역지원본부 자문위원회 또한 이사회와는 별도로 운영되고 있어 그 효율성이 애매모호하고 비상임이사들이 제안한 의견이 기관 운영에 도움을 준 구체적인 사례가 거의 없는 것으로 나타났다.

이번 평가에서 66.763점을 받은 축산물등급판정소는 비전달성을 위한 최고경영진의 리더십과 성과, 혁신제도와 구성원 역신역량, 혁신성과와 개선도, 고객만족경영체제 구축 노력과 성과, 등급판정결과 분석능력 제고노력, 경영정보관리의 합리화 등은 비교적 높은 점수를 받았다.

그러나 내부 평가제도의 적정성 및 외부 평가와의 연계부문은 다소 미흡한 것으로 지적됐다. 향후 기관장 및 임원성과제도를 도입해 책임경영체제를 확립하고 객관적인 외부평가결과를 책임경영제도의 수단으로 활용하는 노력이 필요하다는 지적이다.

KRA는 이번 평가에서 70.076점으로 KRA가 처한 사회의 부정적 인식을 지금도 극복하기 위해 많은 노력을 경주하는 것으로 보이나 더 적극적으로 대응할 필요가 있는 것으로 지적됐다.