농촌진흥청 원예연구소 과수육종과를 중심으로한 국내의 과수육종실적은 1967년 `장십랑''과 `청실리''를 교배한 `단배''를 시작으로 지금까지 사과, 복숭아, 포도 등에 걸쳐 총 30여 품종에 이르고 있다.
사과는 `홍로'', `추광'', `화홍'', `감홍'', `서광'', `새나라'', `선홍'' 등 7품종이고 배는 `수황배'', `화산'', `원황'', `신일'', `미황'', `만수'', `감로'', `선황'', `조생황금'', `신천'', `나31호'' 등 11품종이다.
복숭아는 `유명'', `천홍'', `장호원황도'', `백향'', `진미'' 등 5품종이고 포도는 `청수'', `홍단'', `탐나라'', `홍이슬'', `흑구슬'' 등 5품종이 살구는 `초하'', 자두는 `마-01호'' 등 6과종 등이다.

특히 이들 품종은 국내 재배여건이 양호하고 소비자들의 선호도가 좋은 것으로 평가되면서 2000년 말 현재 `홍로'' 2900ha를 비롯해 총 4과종 24품종에 1만5523ha의 재배면적을 기록하고 있다.
품종별 재배면적을 살펴보면 사과 `홍로'' 등 5품종이 4785ha에 보급된 것을 비롯해 배는 `원황'' 등 11품종 6445ha, 복숭아는 `유명'' 등 5품종이 2743ha, 포도는 `청수'' 등 3품종이 1550ha이다.
국내에서 육성된 품종의 농가 보급은 1998년 발효된 종자산업법 시행 이전에는 한국과수묘목협회에 무상분양해 종묘업체가 자체 증식해 시판했으나 현재는 품종보호출원 후 통상실시를 원칙으로 처분하며 실시권자가 농가에 보급하고 있다.

원예연구소 과수육종과는 사과, 배의 경우 품질 고급화는 어느 정도 달성됐다는 판단아래 앞으로는 내병충성, 내한, 내습성 등 불량 환경 적응성 품종 육성에 중점을 두고 계속 육종 사업을 할 계획이다.
또 포도, 복숭아, 자두의 경우는 우량 실생 획득율이 낮아 당분간은 품질고급화 및 우리나라 기후 적응성 품종 개발을 계속해 나갈 방침이다.
사과, 배의 경우 특수 형질 개량 품종 육성에 주 목표를 두고 있는데 특수형질에는 사과 흑성병, 반점낙엽병, 배 흑성병 등 주요 병해 저항성 계통과 사과 무측지성, 자가적과성, 배 자가결실성 등 생력재배형 육종이 포함된다.

포도는 고급 생식용 무핵 대립, 극조생, 극만생 품종과 내습, 내한, 뿌리혹병 저항성 대목 육성을 목표로 추진하고 있고 복숭아는 수확기 강우 조건에도 품질 변화가 적은 품종 및 왜화성, 가지 하수성 등 생력재배형을 육성하는데 목표를 두고 추진 중이다.

또한 육종 기반 연구로서 과수 유전자원에 대한 국가 보존 체계를 확립하고 있고 이미 완료된 특성조사 성적을 DB화하는 한편 네트워크를 구축하고 있다.
육종 기초 기술 연구로는 과수 주요 병해 저항성 검정법 및 유전 연구, 배수체 변이 유기, 배주배양 등 과수 기내 육종 기술과 육종 효율을 증대하기 위해 복숭아 주요 형질 연관 마커 및 종 분류 마커 등 첨단 분자육종 기술도 개발중에 있다.